По манге, но перевернуто, исходя из аниме:

Приходит Люси без рожек, без рожек она долгое время Ню, но с мозгами.
Выращивает птенчика. Приходит подруга Юки, Нозоми, учит Ню петь песню(дабы объяснить, почему песня такая эльфийская), потом серия про Анну, и дальше по манге - с клонами, живым Курамой(чудом, да, как и Бандо), Шляпником и пр. В конце они устраивают общий пипец лаборатории, с векторнми танками и пр, ну и в конце Кота живет долго и счастливо, на сколько это позволяют себе невротики.

И, да, продолжения в аниме быть не может, ибо все закончилось надписью "Конец".
Конечно, можно еще овашек наделать, если кто проспонсирует.
У кого есть лишние пару миллионов долларов?

Наверное мертвого. Живого просто так не заберешь - сопротивляться будет 
Хотя можно предположить, что у клона каким-то образом выходит из строя чип. К примеру, в результате выстрела в голову из чего-нибудь мощного. От смерти ее спасает шлем, но чип повреждается, клон мочит часть элитных спецназовцев и улетает куда подальше.
Я бы придумал следующие обстоятельства: "челы с металлическими погонами" врываются в гостинницу Клен так же, как это было в манге, но, одновременно с этим, Бвндо тоже узнает, что там прячется Люси и врывается в разгар штурма размахивая своими парными Десерт Иглами, устраивает яростную перестрелку с ган-катой как в Эквилибриуме, сильно сокращает число какудзавского спецназа, подстреливает одного клона (но не насмерть) и погибает разорванный пополам Люси. Ведроголовой пуля попадает прямо в лобешник. Чип замыкает - клон мочит всех, кто попадается под векторы, проделывает дыру в потолке, летит как Нео куда подальше. Потом через пару серий она просыпается где-то на пляже, ничего не помнит. И тут ее находит Курама. Клон без чипа оказывается вполне разумным для пятилетней девочки по меркам ЭП, к тому же у него совершенно непонятным образом осталася какая-то "генетическая память" от оригинала. Она узнает Кураму. По характеру - та же Марико, но не такая безумная. По крайней мере, она на отца руку не поднимет. Эта девочка остается с Курамой и заменяет ему погибшую дочь.

Что-то похожее я видел в фильме Обитель Зла 3. Главная героиня там была хоть и не клоном, но киборгом. Ее в буквальном смысле отключили с помощью сигнала со спутника, но она сопротивлялась и, в итоге, включилась сама, спалив при этом спутник   А еще до этого, в третьем Терминаторе была сцена, где перепрограмированный Арни стал сопротивляться программе и, в конце-концов, перезагрузился.
Киборги вообще очень интересные существа. Нам, людям, часто их не понять Вот представь, например, если у тебя также в глазах будут циферки бегать, как у Элис и Т-800. Постоянно! И никуда от этих бегающих циферок ни денешься, хоть вешайся   Ну что-то я отвлекся.

Клоны взорваться не могут, так как в них взрывчатки нет. Разве что если гранату найдут.
Вообще, если бы я снимал второй сезон, то добавил в него нового персонажа-диклониуса. По характеру - мрачная и хладнокровная убийца. В отличие от Люси, которая любит Коту, та не любит никого. Только ненавидит всех. Она - как животное, как дикий зверь, волк-одиночка. Ей не нужен никто - лишь бы не трогали. Для нее важно - только выжить самой, ради еды, одежды и ночлега она отрывает головы другим.
Что касается Люси, то она действительно возвращается к Коте. После отрыва рогов Люси получает огнестрельное ранение, не совместимое с жизнью. Ее подбирает специальная группа, которая подчиняется исключительно Какудзаве лично (тот самый элитный спецназ). Люси реанимируют (правда для этого ей вместо поврежденного своего вставляют искусственное сердце), а заодно имплантируют ей в тело специальный передатчик, позволяющий отслеживать место, где она находится. Некоторое время Люси ничего не помнит, но потом все-таки вспоминает. У нее моментально отрастают заново рога, она опять совершает побег и находит Коту. Но Какудзава знает ее местонахождение благодаря передатчику. Дальше - еще не придумал. Жди следующего поста.

второй сезон можно в принципе сознать , но уже как самостоятельное произведение без всяких клонированных чипов и векторных танков
скажем Люси спасают от гибели   якудза/ северокорейские шпионы/ бомжи-педофилы ( нужное подчеркнуть ) , к ней возвращается память и силы , она разбирается с Какудзавой , заставляет правительство прекратить геноцид диклониусов , а в конце пафосно погибает сама , спасая Кота